中国医学科学院系统医学研究院/苏州系统医学研究所（简称院所）是由中国医学科学院北京协和医学院与江苏省、苏州市、苏州工业园区地方政府合作共建的新型研究机构。院所秉承“尽微知至，谙医厚生”的办所理念和治所精神，着力于探索新的研究模式和管理体制，推动系统生物学与基础医学、临床医学与预防医学的多学科交叉和协同创新，实现从实验室研究成果向临床应用和医药产业发展的迅速转化，努力建成具有国际影响力的开放性生物医学创新高地和生物医药创新产业培育基地。
院所地块总面积4.68公顷，分两期建设。一期项目于2018年底投入使用，包括20000平方米的科研大楼、5000平方米的动物实验中心和5000平方米的综合大楼。二期正在规划中。
2021年4月29日，中国医学科学院北京协和医学院与苏州市政府签署全面战略合作协议，充分发挥院校综合优势，依托院所在苏州工业园区共建“国家医学科技创新体系核心基地苏州基地”，在科技创新、医疗提升、产业转化和教育培训等方面，与苏州展开深层次合作，共同打造国际一流的“研医产教”融合发展的创新平台。
院所目前聚焦系统医学研究，以肿瘤和感染性疾病等防治关键瓶颈问题为重点，注重学科交叉融合。已建成高通量测序、高性能生物计算、免疫功能检测、动物实验、RNA分析、生物安全二级实验室等技术平台，为生物医药产业提供技术服务支撑。院所始终秉承开放建所的理念，坚持融入地方，重点打造“系统医学”论坛等品牌学术活动，充分发挥中国医学科学院北京协和医学院、苏州市、苏州工业园区资源和产业生态优势，未来将聚焦疾病新机理开发治疗新手段，聚焦药物新靶点引领创新药物研发，聚焦新平台技术革新诊疗方法；重点打造生命组学、代谢、实验动物、化学生物学、分子影像、免疫学和大数据科学及人工智能等前沿平台，建设具有世界影响力的创新高地，助推苏州生物医药产业的创新发展。